คณะแพทยศาสตร์ รับนักศึกษาเข้าศึกษาในหลักสูตรแพทยศาสตร์บัณฑิตและวิทยาศาสตรบัณฑิต รวมทั้งเปิดโอกาสให้ผู้ที่ตั้งใจเรียนแพทย์ได้มีโอกาสเข้าศึกษา โดยรับนักศึกษาเฉพาะในภาคใต้ร้อยละ 50 ในปัจจุบันคณะแพทยศาสตร์ได้รับนักศึกษาในโครงการต่างๆดังนี้

• โครงการรับตรงนักเรียน 14 จังหวัดภาคใต้
• โครงการร่วมผลิตแพทย์เพิ่มเพื่อชาวชนบท ร่วมกับศูนย์แพทยศาสตรศึกษาชั้นคลินิก โรงพยาบาลหาดใหญ่ เพื่อสร้างบัณฑิตแพทย์ไปปฏิบัติงานในชนบทของจังหวัดในภาคใต้ที่ขาดแคลนแพทย์
• โครงการผลิตแพทย์เพื่อ 3 จังหวัดชายแดนภาคใต้ เพื่อผลิตแพทย์เพิ่มให้กับจังหวัดปัตตานี ยะลา และนราธิวาส
• โครงการรับนักเรียนร่วมกับกลุ่มสถาบันแพทยศาสตร์แห่งประเทศไทย (กสพท.)
• โครงการกลุ่มนักเรียนช้างเผือก จำนวนรับไม่เกิน 2 คน ของโรงเรียนที่ได้กำหนดไว้ตามประกาศมหาวิทยาลัยสงขลานครินทร์ในแต่ละปีการศึกษา
• โครงการผลิตและพัฒนาบุคลากรภายใต้ความร่วมมือระหว่างมูลนิธิชัยพัฒนาและมหาวิทยาลัยสงขลานครินทร์
• โครงการรับผู้สำเร็จการศึกษาระดับปริญญาตรี ซึ่งเป็นโครงการที่เปิดโอกาสสำหรับผู้ที่สำเร็จการศึกษาสาขาต่างๆ เข้าศึกษา ทั้งนี้จะต้องเป็นไปตามหลักเกณฑ์ตามประกาศมหาวิทยาลัยสงขลานครินทร์ในแต่ละปีการศึกษา
• โครงการผลิตแพทย์แนวปฏิรูป (เฉพาะนักเรียนที่มีผลการเรียนอันดับ 1 ของโรงเรียนมัธยมศึกษาตอนปลาย (สายวิทยาศาสตร์) ในจังหวัดตรัง และอันดับ 1-10 ของโรงเรียนสภาราชินี จังหวัดตรัง, โรงเรียนจุฬาภรณราชวิทยาลัย ตรัง และโรงเรียนบูรณะรำลึก)
• โครงการกระทรวงมหาดไทย โดยการคัดเลือกนักศึกษาชาวไทยที่นับถือศาสนาอิสลามในจังหวัดชายแดนภาคใต้เข้าศึกษาในสถาบันอุดมศึกษา โดยผู้สมัครสอบต้องมีภูมิลำเนา, บิดา หรือมารดา หรือผู้ปกครอง และสำเร็จการศึกษาจากสถานศึกษาในพื้นที่จังหวัดนราธิวาส ปัตตานี ยะลา สตูล และสงขลา (เฉพาะอำเภอจะนะ เทพา นาทวี และสะบ้าย้อย)